Имена файлов классов ядра происходят от названий классов в нижнем регистре плюс окончание ".class.php", например, класс "Templates" находится в файле "templates.class.php", класс "DataCMS" в "datacms.class.php" и т.д. Классы ядра находятся в папке "\engine\classes".
Родителем всех классов ядра и модулей системы является класс "Application" (исключением является класс "Autoloader"). В статическом параметре "$objects" хранятся проинициализированные объекты классов для избежания повторных инициализаций и доступа к ним из объекта любого дочернего класса. В файле конфигурации "\engine\config\config.php" в секции "CLASSES" находятся списки соответствий названий объектов и их классов, которые используются в магическом методе "__get".
Часть классов являются непосредственными потомками класса Application, например: Config или Helper, остальные являются потомками подкласса DataCMS. Кстати, классы модулей являются потомками подкласса ModuleSettings, который в свою очередь является потомком подкласса DataCMS.
Для автоматической подгрузки классов используется простой автозагрузчик - класс "Autoloader", который с помощью названий классов осуществляет подключение их файлов. Допустим, если класс начинается с "Modules_" - то файл класса находится в папке соотвествующего модуля, например: для "Modules_AdvancedBBCodes" - путь файла будет "\engine\modules\advancedbbcodes\advancedbbcodes.class.php". Если класс начинается с "Admin_", то файл находится в папке "/admin/classes/", например: класс "Admin_Panel" находится в файле "\admin\classes\panel.class.php". Подавляющая часть остальных классов, как и было упомянуто выше, находится в "/engine/classes/".